Eine Aufteilung der Vorsteuerbeträge kommt nur für Leistungen in Frage, die nicht eindeutig umsatzsteuerfreien oder umsatzsteuerpflichtigen Umsätzen zugeordnet werden können. Bei einem Gebäude kommen dabei Maßnahmen zur Gebäudemodernisierung in Betracht, die das Gebäude als Ganzes betreffen. Ebenfalls in Betracht kommt die Aufteilung des Kaufpreises und der Herstellungskosten eines gemischt genutzten Gebäudes. Die Finanzverwaltung lässt grundsätzlich nur den Flächenmaßstab zu, lässt sich aber auch die Möglichkeit offen, eine Aufteilung nach Umsätzen vorznehmen zu können. Der Bundesfinanzhof vertritt die Ansicht, dass zumindest im Erwerbsfall die Aufteilung der Vorsteuern nach den Umsätzen zulässig ist, wenn der Kaufpreis nach Ertragswerten ermittelt wurde. Abgrenzungskriterium für den Übergang vom Flächen- zum Umsatzmaßstab ist eine mögliche Differenz und eine damit verbundene ungerechtfertigte Bereicherung für den Steuerpflichtigen. Ein Übergang zum Umsatzmaßstab soll nur dann zulässig sein, wenn die Differenz zugunsten des Steuerpflichtigen zum Flächenmaßstab gering ist.

Das Europäische Gemeinschaftsrecht stellt in seinen Regelungen bezüglich der Aufteilung von Vorsteuern ausdrücklich auf den Betrag der umsatzsteuerpflichtigen Umsätze ab. Das Gemeinschaftsrecht hat zwar grundsätzlich Vorrang vor nationalem Recht, jedoch bleibt den einzelnen Mitgliedsstaaten aufgrund einer Ausnahme die Möglichkeit offen, abweichende Regelungen zu treffen.