Nachdem die Finanzverwaltung mit ihrer Ansicht zum wiederholten Mal vor dem Bundesfinanzhof Schiffbruch erlitten hat, bleibt ihr nun nichts anderes übrig, als sich der höchstrichterlichen Rechtsprechung zu fügen. Das Bundesfinanzministerium hat daher in einem neuen Schreiben die Grundsätze eines Urteils zur Aufteilung der Vorsteuer für Anschaffungs- und Herstellungskosten übernommen und einige Beispiele für deren Anwendung gegeben.

Bei Erhaltungsaufwand richtet sich der Vorsteuerabzug weiterhin danach, für welchen Gebäudeteil die jeweilige Aufwendung getätigt wurde. Da Erhaltungsaufwand nur an einem Gebäude erfolgen kann, das bereits in Nutzung ist, und damit einzelnen Nutzungsarten zugeordnet ist, kommt der Vorsteuerabzug nur für Aufwendungen in Frage, die den steuerpflichtig genutzten Gebäudeteil betreffen.

Handelt es sich dagegen um Herstellungskosten oder anschaffungsnahen Aufwand, so betreffen die Aufwendungen das Gebäude insgesamt und sind nicht, wie es die Finanzverwaltung bisher verlangte, ebenfalls einzelnen Gebäudeteilen zuzuordnen. Stattdessen müssen die Kosten nach einem Flächenschlüssel sachgerecht aufgeteilt werden, und danach kann ein anteiliger Vorsteuerabzug erfolgen.

Diese Grundsätze sind in allen noch offenen Fällen anzuwenden. Das Schreiben enthält aber eine Übergangsregelung: Hat der Unternehmer den Vorsteuerabzug nach den bisherigen Vorgaben der Finanzverwaltung vorgenommen, dann wird es nicht beanstandet, wenn er die neuen Grundsätze erst ab 2009 anwendet.