Im Umgang mit Geldkonten müssen GmbH-Gesellschafter, die zuvor ein Einzelunternehmen oder eine Personengesellschaft geführt haben, umdenken. Eine GmbH ist eine selbständige juristische Person, d.h. "Entnahmen" wie bei einer Personenfirma sind bei einer GmbH nicht möglich. Der Geschäftsführer erhält ein Gehalt, der Gesellschafter eine Gewinnausschüttung nach Feststellung des Jahresabschlusses. Gesellschafter können eine Vorabausschüttung vereinbaren, die mit der späteren Jahresausschüttung verrechnet wird. Geschäftsführer können Gehaltsvorschüsse erhalten.

Ansonsten ist der Geldverkehr zwischen der Gesellschaft und ihren Gesellschafter auf Darlehenskonten beschränkt, die grundsätzlich verzinst werden müssen. Zinslose oder zinsverbilligte Darlehen führen zu verdeckten Gewinnausschüttungen. Die Finanzverwaltung verlangt stets schriftliche Darlehensverträge. Der Mindestzinssatz für Darlehen beträgt nach den Lohnsteuerrichtlinien 5,5 %, auch wenn die üblichen Bankzinsen höher oder niedriger wären. Wichtig ist, dass die Laufzeit und die Tilgung des Darlehens in dem Vertrag festgehalten wird. Hält der Darlehensvertrag nicht einem sog. Drittvergleich stand, weil unübliche Darlehensbedingungen vereinbart worden sind, so wird der Darlehensvertrag von der Finanzverwaltung insgesamt verworfen. Bei einer Immobilienfinanzierung muss eine Grundschuld an rangbereiter Stelle eingetragen werden, das kann also durchaus der zweite oder dritte Rang sein.